Comenzó a competir en el primer campeonato en 1986 y continuó en la categoría hasta 1989. Entre 1990 y 2000 estuvo retirado del certamen. Independiente es uno de los clubes fundacionales de la Primera División de futsal argentino y actualmente compite en la categoría. También tiene un equipo reserva de la Primera División en el que participa anualmente en el Torneo de Reserva.
