En la temporada 1985/86 Manolo Cardo cesó como entrenador después de cinco temporadas en el cargo y al finalizar la temporada Francisco disputó con la selección nacional el Mundial de 1986. En la temporada 1986/87 llegó a la presidencia Luis Cuervas. Comienza la temporada 2012-13 perdiendo la final de la Liga Total Cup ante el Werder Bremen y la Supercopa de Alemania ante el Bayern camiseta man city Múnich.
